검찰 지휘부와 수사팀은 조사 과정에서 사사건건 충돌을 빚은 것으로 알려졌다.

◇수사팀장은 왜? 상부보고 없이 전결 처리 = 검찰 관계자들에 따르면 윤 팀장은 국정원의 전 심리전단 소속 직원들이 트위터에서 정치 관여 댓글을 작성하고 이를 퍼나른 사실을 파악, 압수수색과 체포가 필요하다고 판단했다.

이에 따라 윤 팀장은 지난 16일 법원에서 국정원 직원 4명의 체포영장을 발부받아 17일 오전 이들 중 3명에 대해 영장을 집행했다. 같은 날 직원 4명의 자택 압수수색도 병행했다.

수사팀은 직원 3명을 조사한 뒤 밤늦게 돌려보냈다.

이어 조사 결과를 토대로 18일 오전 원세훈 전 국정원장과 이종명 전 3차장, 민병주 전 국장 등 3명에 대해 법원에 공소장 변경을 신청했다.

국정원 직원들이 트위터에서 5만5천689회에 걸쳐 특정 정당을 지지하거나 반대하는 글을 게시해 선거법과 국정원법을 위반했으며 이는 원 전 원장의 지시에 따른 것이라는 내용을 공소사실에 추가한다는 것이다.

이 과정에서 윤 팀장은 상부에 보고를 하지 않고 팀장 전결로 업무를 처리했다.

◇'국정원 직원 체포시 통보' 이견 대립 = '돌발 행동'에 앞서 윤 팀장은 조영곤 서울중앙지검장에게 국정원 직원들의 체포·압수가 필요하다는 의사를 밝혔던 것으로 전해졌다.

수사 보안상 필요하며 대검찰청과 법무부에 사전 보고할 경우 국정원 등에 노출될 우려가 있다는 게 주된 이유였다.

수사팀 관계자는 "국정원에 통보하지 않더라도 법적으로 하자가 없고 조사하는 데 전혀 문제가 없다. 법원 가서도 진술에 대한 증거능력 등에서 문제될 게 없다"고 주장했다.

그러나 조 지검장은 "우선 당부(當否.옳고 그름)를 판단해야 한다. 더구나 국정원을 상대로 하는 민감한 강제처분 아니냐"며 "지금 상황에서는 판단이 어려우니 보고도 나중에 천천히 하는 게 좋겠다"는 취지로 정식 보고를 받지 않은 것으로 전해졌다.

조 지검장은 "기본적으로 보고 절차는 거쳐야 한다. 그건 우리가 지켜야 할 하나의 룰"이라는 입장을 밝힌 것으로 알려졌다.

이와 관련, 이진한 중앙지검 2차장검사도 "중앙지검장은 수사팀으로부터 체포영장 등 강제 절차에 들어갈 것인지 말 것인지에 대해 정식 보고를 받은 바 없다"고 밝혔다.

◇공소장 추가도 갈등…"트위터도 지시" vs "충분히 조사해야" = 윤 팀장은 원 전 원장의 공소장 변경도 추진했지만 조 지검장을 비롯한 검찰 지휘부는 "충분한 수사·조사가 이뤄지지 않았다"고 판단한 것으로 알려졌다.

하지만 수사팀은 국정원 직원들을 조사한 뒤 이튿날에 곧바로 국정원 직원들이 쓴 것으로 의심되는 5만5천여건의 트위터 글 작성을 지시한 혐의를 원 전 원장의 공소사실에 추가했다.

검찰 지휘부의 판단은 달랐다.

지난 6월14일 원 전 원장을 기소했지만 당시에도 검찰은 직접 댓글 작업을 했던 수십 명의 직원들은 처벌하지 않고 기소유예 처분했다.

이런 점에서 지휘부는 이번에도 원 전 원장이나 이종명 전 3차장, 민병주 전 심리전단장 등을 대상으로 트위터 댓글 작성과 전파를 지시한 게 맞는지, 어떤 경위인지 등을 조사해야 한다는 입장이었던 것으로 알려졌다.

그러나 수사팀은 체포·압수수색 영장 청구 및 발부, 집행 과정과 공소장 변경 신청 등에서 지휘부에 보고하거나 결재를 받아 업무를 처리하지 않았다.

윤 팀장은 그런 절차를 밟다 보면 장애에 가로막혀 원 전 원장에 대한 혐의 추가 등이 이뤄지지 않을 것으로 보고 '감행'에 나선 것으로 알려졌다.

실제로 윤 팀장은 "내가 모든 것을 짊어지고 가겠다"는 판단에 따라 국정원 직원들에 대한 체포와 압수수색, 원 전 원장의 공소장 변경을 밀어붙였고, 결국 조 지검장은 검찰청법과 검찰보고사무규칙 등에 대한 위반이 엄중하다고 보고 윤 팀장을 직무에서 배제했다. 연합뉴스